Namun, ketika naik takhta, Merneptah berusia sekitar enam puluh tahun.
Dia memindahkan ibu kota Pi-Ramesses, ibu kota ayahnya, kembali ke Memphis, tempatnya kemudian dia membangun istana kerajaan di dekat kuil Ptah, sebuah istana yang digali pada tahun 1915.
Selain memadamkan pemberontakan di Suriah, Merneptah melakukan banyak kampanye militer selama pemeritntahannya, berperang terutama melawan Libya yang dengan bantuan Orang Laut, mulai mengancam Mesir dari barat.
Pada tahun kelima pemerintahannya, Merneptah memimpin pertempuran enam jam di mana dia meraih kemenangan melawan pasukan sekutu Libya dan Orang Laut di kota Perira, yang mungkin terletak di tepi barat Delta.
Kisah kampanye melawan Libya dan Orang Laut ini ditulis di dinding di sebelah tiang keenam di Karnak, pada saat yang sama dengan yang muncul dalam syair di Prasasti Merneptah.
Di akhir prasasti ini, Merneptah mengklaim bahwa ia mengalahkan semua penjajah, membunuh 6.000 tentara musuh dan mengambil 9.000 tahanan.
Firaun ini mungkin meninggal secara wajar sekitar tahun 1203 SM, tetapi mereka tidak menemukan tubuhnya di dalam makamnya, KV8, melansir historicaleve.
Pada tahun 1898 mereka menemukan mumi yang diduganya bersama dengan 18 orang lainnya, di dalam cache makam KV35, Amenhotep II.
Mumi itu kemudian dibawa ke Kairo dan dianalisis oleh Dr. Elliott Smith.