Kemudian lokasi kedua pindah ke Jawa Timur dan dikuasai oleh Wangsa Isyana.
Kerajaan Mataram Hindu dipindahkan ke Jawa Timur oleh Mpu Sindok pada 929 M dan George Coedes dalam The Indianized states of Southeast Asia (1968) ada beberapa kemungkinan penyebab perpindahan ini.
Pertama, faktor bencana alam yaitu peristiwa meletusnya Gunung Merapi.
Kedua, faktor politik yaitu terjadinya perebutan kekuasaan yang imbasnya adalah terancamnya kesatuan wilayah kerajaan Medang.
Faktor ketiga yaitu potensi ancaman dari kerajaan lain, termasuk serangan dari Kerajaan Sriwijaya.
Faktor keempat yaitu motif keagamaan dan ekonomi, termasuk tidak adanya pelabuhan yang membuat Kerajaan Mataram Kuno sulit menjalin kerja sama dengan kerajaan lain.
Sumber sejarah Mataram Kuno
Sumber sejarah kerajaan ini meliputi prasasti, candi, kitab Cerita Parahyangan (Sejarah Pasundan) dan berita dari China.