Rupanya sejak itu, dia turut ambil bagian dalam perang yang tujuannya untuk menaklukan umat Islam.
Dengan tujuan itu, maka dia pun melakukan ekspedisi pertamanya ke Isia. Tujuan pertamanya adalah India.
Di sana, dia kembali terlibat dalam pertempuran dengan pasukan Zamorin dari Calicut.
Mereka berhasil menang dan membuat Portugis mendirikan benteng di tanah Asia untuk pertama kalinya.
Selanjutnya, Alfonso de Albuquerque ditugaskan ke Malaka pada 1511. Tujuannya membebaskan orang Portugis yang ditawan.
Alfonso tidak datang sendiri. Dia datang bersama 900 tentara Portugis dan 2.000 tentara bayaran dari India.
Diserbu ribuan pasukan, Sultan Mahmud Syah menyerah dan akhirnya membebaskan tawanan Portugis.
Bukannya pergi, rupanya Alfonso mendadak mengincar Maluku. Ini karena dia ingin monopoli rempah-rempah.
Awalnya dia mencoba menjalin hubungan dengan penguasa Ternate. Tapi pelan-pelan dia mendirikan benteng-benteng sebagai pertahanan Portugis.
Dari Malaka, perjalanan Alfonso menuju Goa dan terus melakukan penaklukan.