Ada yang beranggapan bahwa sang Ratu Selatan itu keturunan Raja Airlangga dari Kerajaan Kahuripan yang berpusat di Jawa Timur.
Ada pula yang mengatakan Nyi Roro Kidul keturunan dari Raja Jayabaya dari Kediri.
Jika mengacu pada asal usul Nyi Roro Kidul dari Jawa Barat, dikisahkan bahwa Ratu Ayu dari Galuh melahirkan seorang putri cantik.
Saat lahir, dikisahkan sang bayi langsung bisa bicara dan mengatakan bahwa ia adalah penguasa Pantai Selatan.
Selain menguasai Pantai Selatan, Nyi Roro Kidul juga menguasai seluruh lelembut atau makhluk halus di tanah Jawa dengan pusaranya di Pantai Selatan.
Setelah mendengar bayi Nyi Roro Kidul berkata demikian, Roh Sindhula dari Galuh bersabda bahwa cucunya itu tidak akan bersuami untuk menjaga kesuciannya.
Roh Sindhula juga menyebut bahwa cucunya itu bisa bersuami kelak hanya jika dikawini oleh raja-raja Islam di Jawa.
Dalam perkembangan politik di Jawa sebelum era Kerajaan Mataram Islam, disebutkan bahwa Panembahan Senopati, kakek dari Sultan Agung melakukan semedi di Pantai Selatan.