Bung Tomo juga dikenal sangat dekat dengan para kiai, meskipun dia tidak pernah mengenyam pendidikan di pesantren.
Bahkan Bung Tomo sering meminta nasihat kepada beberapa kiai berpengaruh di Jawa.
Siaran Bung Karno dalam menggelorakan semangat warga Surabaya, terutama para santri, selalu dibuka dengan ‘Allahu Akbar! Allahu Akbar!’, melansir dari Buku Indonesia dalam Arus Sejarah edisi ke-6.
Bung Tomo pun terlebih dahulu meminta nasihat dari KH Hasyim Asy’ari, pendiri Nahdlatul Ulama (NU), sebelum dia menggerakkan massa untuk melawan kolonialisme pada saat 10 November 1945 di Surabaya.
Orasi semangat dari Bung Tomo tersebut dibarengi dengan Resolusi Jihad yang disuarakan oleh NU.
Resolusi Jihad merupakan deklarasi yang disampaikan Hasyim Asy’ari pada 22 Oktober 1945, untuk melakukan perlawanan terhadap upaya penjajahan.
Diceritakan pula kedekatan Bung Tomo dengan putra Hasyim Asy’ari, dalam buku Sama Tapi Berbeda: Potret Keluarga Besar KH A Wahid Hasyim (2007).
Tidak hanya itu, bukti ke-religius-an Bung Tomo pun mencapai puncaknya, ketika dia menghadap Sang Pencipta saat menunaikan ibadah haji yang menjadi cita-citanya, pada 7 Oktober 1981.
Bung Tomo meninggal saat hendak wukuf di Padang Arafah.