Kemudian ada Amenhotep IV (1379 - 1362 SM) dari akhir dinasti ke-18, membuat revolusi agama, menghapus pemujaan terhadap Amon-Re (kombinasi dari dewa Theban lokal Amon dan dewa matahari Re) dan memaksa pemujaan eksklusif terhadap dewa matahari lain, Aton.
Ia mengubah namanya menjadi Akhenaton (pelayan Aton), dan membangun ibukota baru di Mesir Tengah bernama Akhetaton, yang kemudian dikenal sebgai Amarna.
Setelah kematiannya, ibukota dikembalikan ke Thebes dan warga Mesir kembali memuja berbagai dewa. Untuk dinasti ke-19 dan 20, dikenal sebagai periode Ramesside (untuk garis raja bernama Ramses) melihat pemulihan dari kekaisaran Mesir yang sempat melemah dan pembangunan yang impresif, termasuk kuil-kuil besar dan kota-kota.
Dalam sejarah Islam dan Yahudi, pembantaian umat Nabi Musa dan berdirinya negara Israel dari Mesir terjadi ketika masa Ramses II (1304 - 1237 SM).
Semua penguasa Kerajaan Baru (kecuali Akhenaton) beristirahat dalam makam potongan batu yang dikubur dalam-dalam di Lembah Para Raja, tempat pemakaman di sebelah barat Sungai Nil seberang Thebes.
Sebagian besar dari mereka dijarah dan dihancurkan, kecuali makam dan harta karun Tutankhamun (1361 - 1352 SM) yang ditemukan masih utuh pada 1922 Masehi.
Kuil pemakaman raja besar terakhir dari dinasti ke-20, Ramses III (1187 - 1156 SM) juga termasuk masih terlestarikan, dan menunjukkan kemakmuran Mesir masih dinikmati sampai masa berkuasanya.
Raja setelah Ramses III tidak begitu sukses: Mesir kehilangan provinsi-provinsinya di Palestina dan Suriah selamanya dan menderita dari invasi asing, sementara kekayaannya secara bertahap berkurang.