Pada tahun 1974, Guterres bergabung dengan gerakan kemerdekaan Associaçao Social Democratica Timorense (ASDT), yang kemudian bernama Fretilin.
Ketika Indonesia menyerbu Timor Timur, Guterres bergabung dengan perlawanan bersenjata.
Awalnya dia bertempur di Ossu di bawah komando Lino Olokassa.
Hingga tahun 1999, Guterres mengambil alih berbagai jabatan dan komando untuk Fretilin dan pasukan militernya Falintil.
Pada tahun 1976, setelah penangkapan Francisco da Silva, dia menjadi penggantinya sebagai sekretaris Fretilin untuk wilayah pesisir timur di Matebian.
Pada tahun 1978, ia menjadi komisaris yang didelegasikan untuk wilayah Ponte Leste dan pada 1984, jadi Komisaris Politik Nasional.
Pada tahun 1987, pemimpin partai Xanana Gusmao, meninggalkan Fretilin untuk mengambil alih kepemimpinan politik organisasi payung baru semua partai kemerdekaan di Timor Timur, Dewan Pertahanan Nasional Rakyat Maubere (CNRM), yang kemudian menjadi CNRT.
Falintil pun berada di bawah CNRM dan kepemimpinan Fretilin lantas mengambil alihnya pada 1988.
Guterres pun menjadi salah satu dari tiga deputi di Ma'huno Bulerek Karathayano, sekretaris Komite Arahan Fretilin (CDF).
Setelah kematian Nino Konis Santana pada tahun 1998, Guterres mengambil alih jabatan sekretaris di CDF.
Setelah pengunduran diri presiden Indonesia Soeharto, di kongres Fretilin di Sydney pada bulan Agustus, Guterres menjadi Koordinator Umum Dewan Presiden, yang menggantikan CDF.
Setelah Referendum kemerdekaan Timor Leste 1999, di mana Guterres memberikan suaranya, dia pergi ke kamp pengumpulan untuk para pejuang Falintil pertama di Remexio, kemudian di Aileu, di mana ia tetap tinggal sampai penarikan pasukan Indonesia.