Melansir The Intrepreter, ketika perang saudara menyebabkan datangnya kekuasaan singkat dari pemerintah Fretilin dan dorongan operasi militer rahasia Indonesia sebagai tanggapan, Peacock menganjurkan pendekatan regional untuk mengakhiri konflik.
Sementara Australia bertindak sebagai mediator antara Portugal, Indonesia dan Timor.
Hanya beberapa hari sebelum pemecatan Whitlam, Peacock menerbitkan sebuah artikel di Melbourne Herald yang mengungkapkan kekhawatiran akan perang gerilya yang berkepanjangan dan sangat mengkritik posisi pemerintah yang dianggap tidak terlibat.
Tetapi, setelah 11 November 1975, ketika Gubernur Jenderal Australia menunjuk pemerintah sementara Fraser dan mengangkat Peacock sebagai menteri luar negeri, posisinya menjadi berbeda.
Di bawah tekanan dari Fraser, yang memusuhi entitas sayap kiri seperti Fretilin, dan departemen luar negeri yang mendesak posisi pro-Indonesia, Peacock tiba-tiba berbalik.
Dia mendukung keterlibatan yang berkelanjutan untuk aksi-aksi militer Indonesia di wilayah Timor Leste.
Dukungannya ditunjukkan dengan konsultasi yang jujur dengan intelijen Indonesia dan kedutaan besar Jakart.
Juga seperti yang dilakukan Whitlam sebelumnya, ia mendukung bahwa tindakan militer Indonesia adalah perang saudara antara orang Timor.