Intisari-online.com - Ilmuwan masih mencari cara virus Corona atau Sars-CoV-2 masuk ke tubuh manusia.
Pasalnya cara virus masuk ini memang sedikit berbeda dari virus lain.
Padahal setelah mengetahui cara masuk virus Corona ke sel manusia, bisa dicari cara pencegahannya.
Akhirnya kini ilmuwan menemukan gerbang tersebut.
Melansir dari Kompas.com dar Phys, ialah Rommie Amaro ahli kimia biofisik komputasi University of California San Diego.
Ia berhasil mengembangkan visualisasi terperinci dari protein lonjakan Sars-CoV-2.
Protein lonjakan adalah senjata virus saat masuk ke tubuh manusia dan menginfeksi sel di tubuh.
Kemudian penyakit Covid-19 pun muncul.
Amaro melakukan studi ini bersama tim ilmuwan dari berbagai perguruan tinggi antara lain University of Pittsburgh, University of Texas, Austin, Columbia University dan University of Wisconsin-Milwaukee, AS.
Pertama adalah ada molekul yang membentuk residu glukosa di sekitar tepi protein lonjakan.
Molekul tersebut bernama molekul glycans yang bertindak sebagai gerbang infeksi virus Corona Sars-CoV-2 di dalam sel tubuh.
Molekul itu juga yang merupakan gerbang glikan yang memungkinkan virus Corona masuk sel inang dalam tubuh manusia.
"Kami pada dasarnya menemukan bagaimana protein lonjakan sebenarnya terbuka dan menginfeksi," kata Amaro, yang juga profesor kimia dan biokimia, serta penulis senior studi tersebut.
"Kami telah membuka rahasia penting tentang cara protein spike menginfeksi sel. Tanpa gerbang ini, virus pada dasarnya tidak mampu menginfeksi," imbuhnya.
Amaro yakin penemuan gerbang virus Corona ini telah membuak jalan para peneliti menemukan obat baru melawan virus Corona.
Gerbang glikan teorinya bisa dikunci secara farmakologis dalam posisi tertutup.
Maka virus tidak bisa masuk ke dalam sel tubuh.
Lapisan glycan juga yang membantu virus menipu sistem kekebalan tubuh manusia.
Hal ini disebabkan oleh residu glukosa yang dikandungnya.
Dahulunya teknologi sebelumnya sudah mencitrakan struktur molekul glycan protein lonjakan dalam posisi terbuka dan tertutup statis.
Penemuan itu awalnya tidak menarik banyak pihak.
Tapi akhirnya dengan simulasi superkomputer memungkinkan peneliti mengembangkan film dinamis.
Akhirnya terungkap gerbang masuk infeksi virus Sars-CoV-2 yang aktif dari satu posisi ke posisi lain.
"Kami sebenarnya bisa menyaksikan opening dan closingnya. Itu salah satu hal yang sangat keren yang diberikan simulasi ini—kemampuan untuk melihat film yang sangat detail," kata Amaro.
Ilmuwan Lilian Chong dari University of Pittsburgh membeberkan teknik canggih yang membuka rahasia ini.
Sebelumnya jika menggunakan teknik standar dibutuhkan waktu bertahun-tahun untuk simulasi proses pembukaan gerbang glikan virus Sars-CoV-2.
"Tetapi dengan alat simulasi canggih 'ansambel tertimbang' lab saya, kami dapat menangkap proses hanya dalam 45 hari," imbuh Chong.
Simulasi komputasi intensif pertama kali dijalankan di Comet di San Diego Supercomputer Center di UC San Diego dan kemudian di Longhorn di Texas Advanced Computing Center di UT Austin.
Kekuatan komputasi semacam itu telah memberi para peneliti pandangan tingkat atom dari domain pengikatan reseptor protein spike, atau RBD, dari lebih dari 300 perspektif.
Penyelidikan mengungkapkan glycan "N343" sebagai kunci pas yang mencongkel RBD dari posisi "turun" ke "atas" untuk memungkinkan akses ke reseptor ACE2 sel inang.
Para peneliti menggambarkan aktivasi glikan N343 mirip dengan mekanisme crowbar molekuler.
Jason McLellan, profesor biosains molekuler di UT Austin dan timnya menciptakan varian protein spike dan mengujinya untuk melihat bagaimana gerbang glikan memengaruhi kemampuan RBD untuk terbuka.
"Kami menunjukkan bahwa tanpa gerbang ini, RBD protein spike (virus corona SARS-CoV-2) tidak dapat mengambil konformasi yang dibutuhkan untuk menginfeksi sel," kata McLellan.