Krisis Timor Leste 2006 berasal dari konflik antarelemen militer Timor Leste (F-FDTL). Di mana hal ini disebabkan oleh diskriminasi di dalam militer.
Tentara dari daerah barat mengaku bahwa mereka didiskriminasi karena militer mengutamakan tentara dari daerah timur.
Pihak Lorosae (timur dalam bahasa Tetum) mendominasi Falintil, gerakan pemberontak gerilya.
Mereka sempat melawan pendudukan Indonesia dan membentuk sebagian besar F-FDTL usai merdeka tahun 2002.
Sehingga Loromonu (barat dalam bahasa Tetum) kurang menonjol dan kurang diperhatikan di dalam struktur militer.
Lalu ada ketegangan antara militer dan kepolisian yang sebagian besar anggotanya berasal dari barat dan mantan anggota militer Indonesia.
Pada akhirnya, 404 dari 1.500 tentara reguler meninggalkan barak mereka (desersi) pada 8 Februari 2006.
Lalu 177 tentara lainnya menyusul pada 25 Februari.
F-FDTL kemudian mencoba menyelesaikannya secaa baik-baik, tapi tak berhasil.
Sehingga sepertiga militer Timor Leste dipecat dan tidak boleh kembali ke militer.
Dampaknya mereka tidak memiliki pekerjaan dan akhirnya menganggur. Lalu mantan tentara itu berdemo di Dili bersama warga sipil lainnya.
Awalnya demo berjalan damai, namun aksi kekerasan yang terpusat di Dili, ibu kota Timor Leste.
Dan tak lama menjadi upaya kudeta.