Selain aliansi dengan Fretilin bubar, penandatanganan petisi itu juga memecah internal UDT sendiri.
UDT terpecah menjadi dua faksi, sebagian memutuskan untuk berpihak pada Asosiasi Demokratik Rakyat Timor (APODETI) -yang pro integrasi dengan Indonesia- untuk menyerukan pencaplokan Indonesia.
Sementara UDT lainnya memutuskan untuk mengambil keputusan berperang melawan pasukan invasi Indonesia.
Atau memutuskan untuk meninggalkan Timor untuk mencari bantuan dan membuat kongres dengan Fretilin di Australia dan Portugal untuk menuju kemerdekaan.
Selain ketiga partai tersebut, ada juga dua partai kecil Timor Leste saat itu, KOTA (Klibur Oan Timor Aswain) dan TRABALHISTA.
KOTA menginginkan pemerintahan tradisional yang fokus pada kepemimpinan lokal.
Sedangkan TRABALHISTA yang didukung oleh komunitas Tionghoa dan Arab hanya menginginkan perubahan yang terkendali.
Namun, FRETILIN merupakan fraksi yang terkuat sebab mendapat dukungan dari pasukan pribumi militer Timor Portugis.