Sejak saat itu, disepakati bahwa Israel akan bertanggung jawab atas keamanan di sekeliling situs, sedangkan Wakaf Yerusalem yang dikendalikan Yordania akan bertanggung jawab atas apa yang terjadi di dalam kompleks tersebut.
Situasi ini berlanjut secara informal hingga tahun 1994, ketika Israel dan Yordania menandatangani perjanjian damai.
Pasal 9 dari perjanjian itu menyatakan: “Israel menghormati peran khusus Kerajaan Yordania Hashemite saat ini di tempat-tempat suci Muslim di Yerusalem. Ketika negosiasi tentang status permanen akan berlangsung, Israel akan memberikan prioritas tinggi pada peran bersejarah Yordania di tempat-tempat suci ini."
Yordania secara resmi memisahkan diri dari Tepi Barat pada tahun 1988, untuk memungkinkan kepemimpinan Palestina mengambil alih, tetapi tidak dari Yerusalem Timur.
Yordania berargumen tidak akan membiarkan "celah perlindungan" dari situs suci Islam di Yerusalem sementara PLO (Organisasi Pembebasan Palestina) dan Israel sedang bernegosiasi tentang masa depan kota tersebut.
Hingga tahun 1994, para mufti besar Yerusalem — yang dianggap sebagai tokoh agama terkemuka di Palestina — diangkat oleh Yordania. Namun dalam kesepakatan dengan PLO, peran tersebut dialihkan ke kepemimpinan Palestina tahun itu.
Mufti Agung Yerusalem saat ini, Muhammad Hussein, yang telah memainkan peran sentral dalam menentang tindakan Israel sejak serangan penembakan pada hari Jumat, ditunjuk oleh Presiden Otoritas Palestina Mahmoud Abbas pada tahun 2006, dan gajinya dibayar oleh PA.
Yordania juga menganggap dirinya memiliki hubungan sejarah khusus dengan Yerusalem, khususnya Masjid Al-Aqsa, sejak masa Amanat Inggris.
Baca Juga: Selama Pemerintahan Gus Dur Hubungan Israel-Indonesia Pernah Mencapai Titik Hangatnya