UNCI merupakan komisi yang melanjutkan tugas komisi sebelumnya, Komisi Tiga Negara (KTN), sekaligus mengawasi penyerahan wilayah Indonesia ke pemerintah republik.
Komisi tersebut melapor secara rutin ke Dewan Keamanan PBB.
Dalam perundingan yang menghasilkan Perjanjian Roem-Royen, delegasi Indonesia diketuai Mohammad Roem. Sementara Belanda diwakili Herman van Roijen (Royen).
Nama tokoh yang mewakili kedua negara itulah yang kemudian menjadi nama perjanjian tersebut.
Perundingan yang dilakukan di Hotel Des Indes, Jakarta ini berlangsung alot.
Hal itu karena perundingan ini tidak pernah memberikan kepuasan yang cukup antara kedua belah pihak.
Akhirnya, UNCI mengusulkan untuk menghadirkan Wakil Presiden Mohammad Hatta dari pengasingan di Bangka.
Selain kehadiran Mohammad Hatta, kehadiran Sri Sultan Hamengkubuwono IX begitu penting untuk Indonesia dalam perundingan ini, karena pernyataannya yang sangat menguatkan Indonesia: "Jogjakarta is de Republiek Indonesie" (Yogyakarta adalah Republik Indonesia).