Bukan hanya pemerintah di Batavia, tapi juga sampai pemerintah pusat di Den Haag. Pasalnya, perkawinan campuran Belanda-pribumi adalah haram menurut undang-undang kolonial, karena dianggap bisa menurunkan martabat bangsa Belanda.
Menteri penjajahan secara resmi meminta penjelasan pada gubernur jenderal tentang kebenaran berita tersebut.
Menurut penjelasan gubernur jenderal —yang entah mengapa bernada membela Snouck—, apa yang sebenarnya terjadi adalah Snouck telah menyaksikan sebuah upacara perkawinan Islam di Masjid Ciamis dalam rangka penelitian yang dilakukannya.
Snouck juga ikut membantah keras berita perkawinannya itu.
Dari perkawinan ini Snouck menghasilkan empat anak: Salamah Emah, Oemar, Aminah dan Ibrahim. Sangkana meninggal dunia pada tahun 1895, ketika keguguran anaknya yang kelima.
Keempat anak Snouck lalu dipelihara dan dibesarkan oleh istri bupati Ciamis yang masih berkerabat dengan istrinya.
Empat tahun setelah kematian istri pertamanya Snouck kawin lagi di Bandung. Lagi-lagi dengan anak perempuan keluarga penghulu. Kali ini dengan cucu penghulu kepala Bandung, Haji Muhammad Rusdi.
Penghulu kepala ini mempunyai anak bernama Haji Muhammad Su'eb, wakil penghulu Bandung, yang dikenal dengan sebutan Kalipah Apo dan kondang sebagai qori — pembaca Al Quran— jempolan.
Snouck kawin dengan anak gadis Kalipah Apo, Siti Sadijah, yang memberinya seorang anak laki-laki bernama Raden Joesoef.
Anak bungsunya juga masih hidup
Agar rahasia perkawinannya tak sampai terbongkar, Snouck antara lain melarang anak-anaknya dididik di sekolah Belanda.
la juga tidak setuju ketika setelah dewasa R. Joesoef, Ibrahim dan salah seorang anaknya yang perempuan menyatakan ingin melanjutkan pendidikan di Negeri Belanda.