Departemen itu mencangkup (1) Departemen operasi dan koordinasi (Operational planning and coordination) (2) Pengumpulan data (Collection) (3) Tindakan politik ( Political action and liaison) (4) SDM, keangan, logistik, keamanan (Man power, finance, logistic, and security) (5) Pelatihan (Training) (6) Penelitian (Reseach) (7)Technical operation, dan (8) Technology yang merupakan pendukung bagi operasi-operasi agen Mossad di seluruh dunia.
Semua departemen bekerja saling kait-mengkait demi suksesnya operasi yang dilancarkan Mossad.
Dalam sistem kerjanya, agen-agen Mossad tersebar di berbagai negara, terutama negara yang dianggap paling membahayakan bagi Israel, misalnya negara-negara Arab.
Kendati agen Mossad secara etika dilarang beroperasi di AS, mereka mempunyai koneksi yang kuat dengan CIA, lobi Yahudi di AS dan juga hubungan khusus dengan tokoh-tokoh penting AS.
Agen Mossad bahkan pernah beroperasi di AS kendati bukti tentang keberadaan para agen Mossad itu kemudian disangkal Israel.
Cara kerja agen Mossad di berbagai negara sangat profesional dan didukung oleh teknologi canggih.
Sistem yang ditempuh sulit dideteksi lawan dan untuk menghilangkan bukti atau jejak, agar Mossad bisa melaksanakan pembunuhan sadis dengan cara yang sangat sulit untuk dilacak polisi.
Meskipun sudah memiliki tim pembunuh, Metsada, semua agen Mossad mendapat pelatihan menggunakan senjata dan teknik bertempur ala pasukan komando serta latihan bunuh senyap dengan beragam senjata. Mereka juga memiliki motto dalam menghilangkan nyawa korbannya.
Untuk memastikan korbannya tewas, agen Mossad wajib menyarangkan satu peluru pistol ke kepala korbannya.
Cara ini jelas menunjukkan ciri khas aksi pasukan tempur komando yang biasa bertugas melumpuhkan teroris yang sedang menyandera korban, pembajak pesawat, dan teknik tempur yang biasa digunakan dalam pertempuran jarak dekat.
Oleh karena itu, ketika agen Mossad terpaksa harus membunuh sasarannya, dia bisa melaksanakannya secara profesional.
Agen mata-mata yang berhasil digaet oleh Mossad pun kebanyakan tidak menyadari bahwa dirinya telah direkrut.