Peristiwa penting Proklamasi Kemerdekaan membawa akibat lain. Jepang memang tidak menyerah begitu saja. Yani dan teman-temannya mengibarkan bendera merah putih di gunung Tidar, gunung kecil di Magelang. Lalu melakukan pelucutan senjata terhadap Nakamura Butai, lalu hotel Nitaka yang jadi markas Jepang.
Tentara Keamanan Rakyat (TKR) terbentuk. Yani berpangkat mayor, batalyonnya bagian dari Resimen XIV Magelang, yang dipimpin Letkol Sarbini. Resimen bagian dari Divisi V Purwokerto pimpinan Kolonel Soedirman.
Tugas sudah menantang. Pasukan Sekutu mendarat di Semarang, menjatuhkan Jepang tapi bukan sekedar membebaskan prajurit Sekutu yang ditawan. Malah mempersenjatai Belanda. Batalyon Yani menggempur. Kolonel Soedirman yang perkasa menggerakkan pasukan.
Pasukan Sekutu terdesak ke Benteng Willem I. Itulah saat yang kita kenal sekarang dengan Palagan Ambarawa, 15 Desember 1945, dengan mundurnya tentara Sekutu, sampai Semarang.
Lalu pertempuran demi pertempuran susul menyusul. Clas I (Agresi Militer I), Pemberontakkan PKI di Madiun, gerombolan yang mengacau di daerah Kebumen, dan juga DI/TII. Dalam menghadapi lawan inilah, Yani menyusun, melatih dan membentuk pasukan khusus yang disiapkan untuk menghadapi medan. Pasukan khusus ini menjadi cikal bakal dari Banteng Raiders, yang diresmikan 25 Maret 1953.
Sekolah sebentar di Amerika Serikat (1955-56), lalu memimpin Operasi 17 Agustus menumpas PRRI/Permesta. Sukses demi sukses inilah yang kemudian mengangkat pangkat dan kedudukannya. Jabatan tertinggi sebagai Kepala Staf Angkatan Darat. Tanggal 1 Januari 1963, pangkatnya dinaikkan menjadi mayor jenderal. Setahun kemudian menjadi Letnan jendral.
Situasi lagi rawan.
PKI lagi beragitasi. Merasa dapat dukungan massa, PKI dengan ormasnya justru merencanakan untuk membentuk Angkata Kelima. Artinya massa, buruh dan tani yang sebagian massa PKI, minta dipersenjatai. Yani menolak.
Sementara isyu adanya Dewan Jenderal muncul ke permukaan. Isyu dokumen Gillchrist yang menyangkut nama sejumlah jenderal yang dipimpin Yani yang katanya mau mengoreksi kebijaksanaan Presiden Soekarno.
Dan kita tahu, dalam pada itu, tubuh Angkatan Darat sendiri terpecah-pecah. Peristiwa Bandar Betsy, peristiwa Jengkol membuktikan bahwa dalam barisan Angkatan Darat bisa pecah dan bentrok.
Posisi yang sulit bagi Achmad Yani.
Puncak dari ini semua adalah, pemberontakan Gerakan 30 September 1965 yang ditandai dengan penculikan, penyiksaan dan pembunuhan sejumlah jenderal dan pimpinan. Antara lain Achmad Yani. Putra Indonesia, lahir di desa, besar dalam medan pertempuran, mengabdi dengan tulus kepada republik, berjuang atas nama negara, dibunuh dengan cara keji oleh bangsanya sendiri.