Pada tanggal 25 April 1950, ia memproklamasikan berdirinya Republik Maluku Selatan (RMS) di Ambon. Proklamasi ini disambut dengan antusiasme oleh sebagian masyarakat Maluku, yang melihat RMS sebagai harapan untuk mewujudkan mimpi kemerdekaan.
Namun, pemerintah Indonesia tidak tinggal diam. Mereka menganggap RMS sebagai ancaman bagi keutuhan negara dan segera mengambil tindakan tegas. Pada bulan Juli 1950, pasukan TNI melancarkan operasi militer besar-besaran untuk menumpas pemberontakan RMS.
Pertempuran sengit terjadi di berbagai wilayah Maluku, menyebabkan banyak korban jiwa di kedua belah pihak.
Proklamasi RMS bukanlah sekadar deklarasi kosong. Soumokil dan para pengikutnya bergerak cepat untuk membangun kekuatan militer, merekrut pemuda-pemuda Maluku yang bersemangat, dan mempersenjatai mereka dengan sisa-sisa persenjataan peninggalan Perang Dunia II.
Mereka juga menjalin hubungan dengan Belanda, berharap mendapatkan dukungan dari mantan penjajah tersebut.
Sementara itu, pemerintah Indonesia tidak tinggal diam. Presiden Soekarno mengirimkan pasukan TNI yang dipimpin oleh Kolonel A.E. Kawilarang untuk menumpas pemberontakan.
Pada bulan Juli 1950, operasi militer besar-besaran dimulai. Pertempuran sengit berkecamuk di seluruh Maluku, dari Ambon hingga Seram.
Meskipun kalah jumlah dan persenjataan, pasukan RMS berjuang dengan gigih. Mereka memanfaatkan medan yang sulit, melakukan serangan gerilya, dan mengandalkan dukungan dari sebagian masyarakat Maluku.
Soumokil sendiri memimpin pasukannya dari garis depan, menunjukkan keberanian dan tekad yang luar biasa.
Namun, seiring berjalannya waktu, pasukan RMS mulai terdesak. Serangan TNI yang gencar, ditambah dengan blokade laut yang efektif, membuat mereka kesulitan mendapatkan pasokan makanan dan amunisi. Satu per satu, kota-kota penting di Maluku jatuh ke tangan TNI.
Pada bulan November 1950, Soumokil dan sisa-sisa pasukannya terpaksa mundur ke pedalaman Pulau Seram. Mereka terus melakukan perlawanan, namun semakin terisolasi dan putus asa. Akhirnya, pada tanggal 2 Desember 1950, Soumokil ditangkap oleh pasukan TNI.
Penangkapan Soumokil menandai berakhirnya pemberontakan RMS secara militer. Namun, perjuangan mereka belum sepenuhnya padam. Banyak anggota RMS yang berhasil melarikan diri ke Belanda, di mana mereka terus menyuarakan aspirasi kemerdekaan Maluku.