Saat itu, Belanda tiba-tiba melakukan penyerbuan terhadap kubu pertahanan Pangeran Natapraja.
Karena usia sang ayah sudah lanjut, pemimpin pertahanan Serang diserahkan kepada Nyi Ageng Serang.
Saat perlawanan terjadi, saudara laki-lakinya harus gugur.
Nyi Ageng Serang kemudian memegang langsung kepemimpinan dan berjuang melawan Belanda dengan gagah berani.
Namun, karena jumlah kekuatan musuh lebih besar, sedangkan rekan seperjuangannya, Pangeran Mangkubumi tidak lagi membantu, pasukan Serang terdesak.
Pangeran Mangkubumi mengadakan perdamaian dengan Belanda berdasarkan Perjanjian Giyanti pada 13 Februari 1755.
Awalnya, Nyi Ageng Serang tidak ingin menyerahkan diri.
Tetapi, ia tetap berhasil ditangkap dan menjadi tawanan Belanda.
Bermula dari pertempuran di Serang inilah kemudian nama Kustiah menjadi Nyi Ageng Serang.
Setelah dibebaskan, Nyi Ageng Serang dikirim ke Yogyakarta.
Di sana ia banyak menghabiskan waktunya untuk memperkuat spiritualnya.