Ia juga diangkat sebagai kepala barisan pengawal istana rahasia dan panglima protokol pemerintah.
Kemudian menjadi perempuan pertama yang menduduki jabatan penting di istana Aceh.
Perjuangan Melawan Portugis
Perjuangan Malahayati melawan penjajah dimulai setelah terjadinya pertempuran di Teluk Haru pada tahun 1586.
Pada saat itu, armada laut Aceh yang dipimpin oleh suaminya, Laksamana Zainal Abidin, berhadapan dengan armada Portugis yang berusaha menyerang Aceh.
Pertempuran sengit terjadi di perairan Teluk Haru, dekat Selat Malaka.
Armada Aceh berhasil mengalahkan armada Portugis, namun dengan harga yang mahal.
Laksamana Zainal Abidin gugur dalam pertempuran tersebut, meninggalkan Malahayati sebagai janda.
Malahayati tidak putus asa. Ia bersumpah untuk menuntut balas dan meneruskan perjuangan suaminya.
Ia mengusulkan kepada Sultan Alauddin untuk membentuk sebuah pasukan perempuan yang terdiri dari janda-janda prajurit Aceh yang gugur dalam peperangan.
Sultan Alauddin menyetujui usulan tersebut dan memberi nama pasukan itu Inong Balee, yang berarti janda berani.