Serangan kedua dilakukan pada tanggal 3 Desember 1628 dengan membawa pasukan raksasa yang terdiri dari ribuan prajurit.
Serangan pertama berhasil membuat pihak VOC terjangkit wabah kolera yang meresahkan pasukan mereka.
Wabah penyakit ini menyebabkan banyak kematian dan penurunan kesehatan di kalangan pasukan VOC.
Serangan kedua juga berhasil menghancurkan benteng VOC dan merebut kota Batavia.
Namun serangan ini tidak berlangsung lama.
Pada tanggal 27 Oktober 1628, pasukan Mataram memilih mundur dan kembali ke kerajaannya karena takut akan reaksi dari pihak Banten dan Kesultanan Demak.
Pihak Banten dan Demak kemudian melakukan perlawanan bersenjata melawan Mataram dan VOC.
Serangan Sultan Agung ke Batavia merupakan sebuah epos dalam sejarah Indonesia.
Ia menunjukkan bahwa Sultan Agung adalah seorang pemimpin yang cerdas dan taktis dalam menggunakan sumber daya alam sebagai senjata perang.
Kegagalan itu juga menunjukkan bahwa pihak Belanda tidak bisa dikalahkan hanya dengan kekuatan militer saja.