Mereka terdiri dari wakil-wakil pemerintah dan wakil-wakil peserta (partai politik) Pemilu 1999 serta tokoh-tokoh masyarakat.
Tugas mereka adalah mempersiapkan pemilu 1999.
Akan tetapi, setelah pengesahan Undang-Undang Nomor 4 tahun 2000 maka ditetapkan anggota KPU wajib non-partisan.
Presiden ke-4 Republik Indonesia Abdurrahman Wahid kemudian merombak struktur KPU melalui Keppres No. 70 Tahun 2001.
Jumlah komisioner yang tadinya mencapai 53 orang dipangkas menjadi hanya 11 orang.
Anggota KPU pun dipilih dari unsur lembaga swadaya masyarakat dan akademisi.
Tujuan pemangkasan anggota KPU ini supaya mekanisme kerja KPU dapat berjalan lebih efektif.
Lantas Presiden ke-5 Republik Indonesia Megawati Soekarnoputri menggagas pembentukan tim seleksi anggota KPU.
Tim seleksi ini berfungsi membantu Presiden dalam menetapkan calon anggota KPU yang baru dan diajukan ke Dewan Perwakilan Rakyat untuk dilakukan pemilihan secara demokratis.
Dalam melaksanakan tugasnya, tim seleksi bertanggung jawab kepada Presiden.
Pembentukan tim seleksi anggota KPU ini berdasarkan Keppres No. 67 Tahun 2002 untuk membentuk kepengurusan KPU dalam menghadapi Pemilu 2004.
Pada masa Presiden ke-6 Republik Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono, anggota KPU periode 2007 sampai 2012 hanya berjumlah 7 orang.