Namun, pemerintahannya tidak mendapat dukungan penuh dari rakyat dan kerabatnya.
Sebagian rakyat lebih memihak Pangeran Diponegoro, putra sulung Hamengkubuwana III, yang memimpin perlawanan melawan Belanda.
Sebagian kerabatnya juga menganggap Pangeran Menol terlalu dekat dengan Belanda dan tidak berani membela kepentingan keraton.
Salah satu saudara kandung Pangeran Menol yang menentangnya adalah Gusti Raden Mas Mustojo, yang kemudian menjadi Hamengkubuwana VI.
Ia berhasil mempersunting putri Kesultanan Brunai dan menjalin ikatan persaudaraan dengan Kesultanan Brunai.
Ia juga berusaha mendapatkan dukungan dari rakyat dan keraton untuk menggantikan Pangeran Menol.
Pangeran Menol sendiri berusaha menjaga hubungan baik dengan Belanda, dengan harapan dapat memperoleh perlindungan dan kesejahteraan bagi rakyatnya.
Ia juga mengangkat beberapa pangkat militer dari Belanda, seperti Letnan Kolonel pada tahun 1839 dan Kolonel pada tahun 1847.
Namun, kebijakan Pangeran Menol tidak berhasil menghindarkan dirinya dari akhir yang tragis.
Pada tanggal 5 Juni 1855, ia ditemukan tewas terhunus di salah satu ruangan istana.
Pembunuhnya ternyata adalah salah satu istrinya, Kanjeng Mas Hemawati, yang merupakan istri kelima dan paling disayangnya.
Baca Juga: Kiki Fatmala Yang Identik Dengan Si Manis Jembatan Ancol, Bagaimana Cerita Hantu Cantik Itu Bermula?
Motif pembunuhan ini tidak diketahui pasti, tetapi diduga ada kaitannya dengan persaingan antara Pangeran Menol dan saudara kandungnya.
Pangeran Menol dimakamkan di Imogiri, Bantul, dengan gelar Sultan Hamengkubuwana V.
Ia digantikan oleh saudara kandungnya, Gusti Raden Mas Mustojo, yang naik takhta dengan gelar Sultan Hamengkubuwana VI.
Pangeran Menol meninggalkan sejarah yang penuh dengan lika-liku dan kesedihan, sebagai raja yang naik takhta di usia tiga tahun.