Pada masa pemerintahan Presiden Joko Widodo (Jokowi), Doni dipromosikan menjadi komandan pasukan elite Kopassus pada 2014.
Selanjutnya, dia menjadi Panglima Komando Daerah Militer XVI/ Pattimura dan Panglima Komando Daerah Militer III/Siliwangi.
Pada periode kedua, Jokowi menunjuk Doni sebagai Kepala Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB).
Saat pandemi Covid-19, Doni juga merangkap jabatan sebagai Kepala Pelaksana Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19.
Dia menjabat sebagai kepala BNPB hingga Mei 2021 dan posisinya kemudian digantikan oleh Letjen Ganip Warsito.
Setelah pensiun dari militer pada Juni 2021, Doni ditunjuk menjadi Komisaris Utama PT Indonesia Asahan Aluminium (persero) atau biasa disebut Inalum.