Ratu Kalinyamat menjadi penguasa Jepara selama 30 tahun, yakni dari 1549-1579.
Sejak resmi menjadi penguasa tunggal di Jepara, ia memberi perhatian besar pada bidang politik dan militer.
Ratu Kalinyamat berhasil membangun kekuatan angkatan laut yang besar dan kuat, serta mengembangkan potensi kemaritiman yang dimiliki Jepara.
Di bawah kekuasannya, Jepara menjadi kerajaan bahari di mana rakyatnya hidup tenteram dengan mengandalkan laut sebagai sumber utama penghidupannya.
Sejarawan bernama Burger menyatakan bahwa meski daerah kekuasaannya kurang subur, Ratu Kalinyamat memiliki empat kota pelabuhan di Jepara, Juana, Rembang, dan Lasem.
Pelabuhan itu tidak hanya berfungsi sebagai tempat transit, tetapi juga menjadi pengekspor gula, madu, kayu, kelapa, dan palawija, yang menjadi komoditas perdagangan antarpulau bahkan antarbangsa.
Ratu Kalinyamat pun sangat disegani rakyatnya berkat jasanya membawa Jepara mencapai masa keemasan dengan menjadi kota pelabuhan yang maju dan dilengkapi armada yang kuat.
Ratu Kalinyamat memiliki peran besar dalam sejarah perjuangan bangsa Indonesia, khususnya dalam melawan bangsa Portugis pada abad ke-16.
Pada masanya memerintah Jepara, bangsa Portugis telah bercokol di Malaka, yang memicu perlawanan dari berbagai pihak.
Dengan kepemilikan angkatan laut yang kuat, Ratu Kalinyamat pernah diminta oleh Raja Johor untuk membantu melawan Portugis pada 1550.
Ratu Kalinyamat pun mengabulkan permintaan itu dan mengirimkan 40 armadanya yang berkekuatan 4.000-5.000 prajurit.
Meski serangan itu gagal, semangat patriotisme Ratu Kalinyamat tidak langsung padam.
Selain Raja Johor, berita Portugis melaporkan bahwa pemimpin persekutuan Hitu di Ambon juga pernah meminta bantuan militer kepada Ratu Kalinyamat.
Sekitar 24 tahun kemudian, tepatnya pada Oktober 1574, ia mengirim ekspedisi yang digabungkan tentara dari Aceh guna menggempur kedudukan Portugis di Malaka.
Ekspedisi kedua itu berkekuatan 300 kapal, 80 di antaranya berukuran sangat besar, dengan jumlah prajurit mencapai 15.000 orang.
Serangan ini berhasil mematahkan dominasi Portugis meski harus mengorbankan 2.000 nyawa tentara Ratu Kalinyamat.
Berkat keberanian dan pemikiran besarnya, nama Ratu Nyamat meninggalkan kesan bagi beberapa bangsa Portugis.
Diego de Conto, seorang penulis berkebangsaan Portugis, menjuluki Ratu Kalinyamat sebagai "Rainha de Jepara senhora Poderosa e ride", yang artinya Ratu Jepara seorang perempuan kaya dan mempunyai kekuasaan besar.
Selain itu, ada pula yang menyebutnya sebagai "De Kranige Dame", yakni perempuan tangguh dan gagah berani yang tidak kenal takut.
Setelah Ratu Kalinyamat meninggal pada 1579, penggantinya adalah salah satu putra angkatnya, yakni Pangeran Arya dari Banten, yang kemudian bergelar Pangeran Jepara.