Tahun kelahiran dan awal kehidupan Ratu Kalinyamat tidak diketahui secara jelas.
Dia dikenal sebagai salah satu anak Sultan Trenggono sekaligus adik dari Sunan Prawoto, Raja Demak keempat yang memerintah antara 1546-1549.
Retna Kencana menikah dengan Pangeran Hadiri atau Hadlirin, yang berasal dari luar Jawa.
Setelah pindah ke Jawa dan mendirikan kampung di wilayah yang saat ini masuk Kecamatan Kalinyamatan, Jepara, Pangeran Hadiri dikenal sebagai Pangeran Kalinyamat.
Retna Kencana dan Pangeran Kalinyamat tidak memiliki anak, tetapi mempunyai beberapa anak asuh.
Salah satu anak asuhnya adalah Pangeran Arya, putra Maulana Hasanuddin, raja pertama Kesultanan Banten yang memerintah antara 1526-1570.
Di masa-masa itu, Demak sedang ditimpa perang saudara, di mana salah satu korbannya adalah Sunan Prawoto yang tewas di tangan utusan Arya Penangsang.
Setelah kematian Prawoto, Retna Kencana dan Pangeran Kalinyamat, yang menjabat sebagai adipati Jepara, mendatangi Sunan Kudus.
Namun, sepulang dari menemui Sunan Kudus, Pangeran Kalinyamat turut menjadi korban kekejaman Arya Penangsang, sementara Ratu Kalinyamat dapat melarikan diri.
Konflik perebutan takhta Kerajaan Demak baru berakhir setelah Arya Penangsang dikalahkan oleh Sultan Hadiwijaya atau Jaka Tingkir.
Sultan Hadiwijaya kemudian mendirikan Kesultanan Pajang, sedangkan Retna Kencana menggantikan peran suaminya sebagai penguasa Jepara dengan gelar Ratu Kalinyamat.
Penobatan Ratu Kalinyamat sebagai penguasa Jepara ditandai dengan sengkalan "Trus Karya Tataning Bumi" yang bertanggal 10 April 1549.