Aceh kembali melakukan perlawanan dengan dipimpin oleh Teuku Umar, seorang pahlawan nasional Indonesia yang dikenal sebagai panglima perang Aceh.
Teuku Umar berhasil mengalahkan pasukan Belanda dalam beberapa pertempuran, seperti pertempuran Meulaboh, Samalanga, dan Lam Teungoh.
Namun, Teuku Umar gugur dalam pertempuran Meulaboh pada tanggal 11 Februari 1899.
Fase kedua berakhir dengan kematian Teuku Umar dan penangkapan istrinya, Cut Nyak Dhien, yang juga merupakan pejuang Aceh yang gigih.
Fase ketiga dimulai dengan perubahan strategi Belanda, yang mengganti komandan militer mereka dengan Jenderal J.B. van Heutsz, seorang ahli dalam peperangan kolonial.
Van Heutsz menerapkan taktik yang disebut "pacificatie" atau pemaksaan damai, yang melibatkan penghancuran desa-desa, pembunuhan massal, pembakaran tanaman, dan penangkapan pemimpin-pemimpin Aceh. Van Heutsz juga membentuk pasukan bantuan yang terdiri dari tentara-tentara lokal yang disebut marechaussee, yang dilatih dan dipersenjatai oleh Belanda.
Fase ketiga berakhir dengan penyerahan diri Sultan Muhammad Daud Syah, penguasa terakhir dari Kerajaan Aceh, kepada Belanda pada tanggal 26 Januari 1903.
Perang Aceh memiliki dampak yang besar bagi Aceh, Belanda, dan Indonesia.
Bagi Aceh, perang ini mengakhiri keberadaan Kerajaan Aceh Darussalam, yang merupakan simbol kejayaan Islam di Nusantara.
Baca Juga: Kesultanan Ternate, Kerajaan Islam Tertua di Nusantara yang Masih Berdiri Hingga Kini
Perang ini juga menyebabkan kerusakan fisik, sosial, ekonomi, dan budaya yang parah di Aceh, yang mempengaruhi kondisi Aceh hingga saat ini.
Bagi Belanda, perang ini merupakan perang kolonial terpanjang dan tersulit yang pernah mereka lakukan, yang menelan banyak korban jiwa dan biaya.
Perang ini juga menimbulkan kritik dan protes dari masyarakat Belanda dan internasional, yang mengecam kekejaman dan pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh Belanda di Aceh.
Bagi Indonesia, perang ini merupakan salah satu peristiwa yang menginspirasi perjuangan kemerdekaan Indonesia dari penjajahan Belanda.
Perang ini juga melahirkan banyak pahlawan nasional Indonesia, seperti Teuku Umar, Cut Nyak Dhien, Cut Nyak Meutia, dan lain-lain, yang menjadi panutan dan teladan bagi generasi-generasi berikutnya.