Penguasa wilayah ini juga ditunjuk langsung oleh Sultan Johor.
Ketika Kesultanan Johor runtuh, di wilayah Siak terjadi kekosongan kekuasaan selama hampir 100 tahun.
Raja Kecik, yang pernah terlibat perang saudara di Johor kemudian menetap di Bintan, dan seterusnya mendirikan negeri baru di pinggir Sungai Buantan, anak Sungai Siak.
Negeri baru yang berpusat di Buantan ini dinamai Kerajaan Siak.
Kendati demikian, pusat kerajaan sempat beberapa kali mengalami pemindahan.
Barulah pada masa pemerintahan Sultan Ismail (1827-1864), pusat kerajaan akhirnya menetap di Kota Siak Sri Indrapura sampai akhir pemerintahannya.
Setelah mendirikan Kerajaan Siak, Sultan Abdul Jalil atau Raja Kecik mulai melakukan perluasan wilayah dan membangun pertahanan armada laut.
Dalam perkembangannya, Siak terus menunjukkan dominasinya di kawasan perairan timur Sumatera, dengan mengontrol perdagangan timah di Pulau Bangka dan menaklukkan Mempawah di Kalimantan Barat.
Pada masanya, kerajaan ini juga menjadi salah satu pusat penyebaran dakwah Islam.
Pada masa sultan Siak ke-11, yaitu Sultan Syarif Hasyim, dibangunlah istana megah yang diberi nama Istana Asserayah Hasyimiah atau Istana Siak.
Puncak kejayaan Kerajaan Siak juga berlangsung pada pemerintahan Sultan Syarif Hasyim.
Kebesaran kerajaan ini dapat dilihat dari pesatnya perkembangan ekonomi kerajaan.