Tidak lama kemudian, Sultan Hadiwijaya sakit dan akhirnya wafat. Upaya
Danang Sutawijaya untuk memerdekakan Mataram pun semakin mudah.
Terlebih lagi Kerajaan Pajang mengalami pergolakan karena perebutan kekuasaan.
Pada 1586, Danang Sutawijaya mendirikan Kerajaan Mataram Islam dan mengangkat dirinya sebagai raja dengan gelar Panembahan Senapati Ing Alaga Sayidin Panatagama.
Kerajaan Mataram Islam sempat berjaya di masa pemerintahan Sultan Agung (1613-1645), sebelum akhirnya terpecah dua pada pertengahan abad ke-18.