Dalam pengungsiannya, dia mengangkat kembali Raden Mas Rahmat sebagai adipati anom, sebelumnya hak putra mahkota telah diberikan kepada Pangeran Puger.
Singkat cerita, Amangkurat I meninggal dunia dalam pelarian dan dimakamkan di Tegalarum.
Berkat bantuan VOC, Raden Mas Rahmat menyatakan diri sebagai susuhunan Mataram Islam dengan gelar Amangkurat II.
Pada tahun 1678 Amangkurat II mengerahkan pasukannya menyerang Trunajaya di Kediri.
Pasukan pemberontak kewalahan menghadapi Mataram yang dibantu serdadu VOC.
Setelah melalui pertempuran tersebut, Trunajaya tertangkap dan dijatuhi hukuman mati.
Kekuasaan Mataram berhasil dipulihkan oleh Amangkurat II.
Amangkurat II kemudian menarik pasukannya menuju Semarang, kemudian ia memerintahkan kepada Patih Nerangkusuma agar membuka hutan Wanakerta yang akan dibangun menjadi keraton baru.
Pada hari Rebo Pon, tanggal 27 Ruwah, tahun Alip 1603 AJ, bertepatan dengan tanggal 11 September 1680 M, Amangkurat II secara resmi menempati Keraton Kartasura dan memindahkan pusat pemerintahannya di sana.