Ia membangun Batavia sebagai kota modern dengan infrastruktur yang baik seperti jalan-jalan beraspal, kanal-kanal air bersih, benteng-benteng pertahanan, gereja-gereja Protestan, dan rumah sakit.
Ia juga mengatur sistem pemerintahan, peradilan, dan keuangan di kota tersebut.
Ia mengundang para imigran dari berbagai bangsa dan agama untuk menetap di Batavia, asalkan mereka tunduk kepada VOC
Dia juga mengirimkan ekspedisi-ekspedisi ke berbagai daerah di Hindia Timur untuk menjalin hubungan dagang dan politik².
Coen meninggal di Batavia pada tanggal 21 September 1629. Ada dua versi yang berbeda mengenai penyebab kematian Coen.
Menurut versi Belanda, Coen meninggal karena kolera yang kini lebih dikenal dengan muntah darah, sedangkan versi lainnya meyakini bahwa kematian Coen akibat serangan bala tentara Sultan Agung dari Mataram.
Coen dimakamkan di Batavia dengan upacara kenegaraan yang megah. Ia meninggalkan seorang istri bernama Eva Ment dan empat orang anak.
Salah satu anaknya, Isabella Coen, menikah dengan Cornelis Speelman, Gubernur Jenderal Hindia Belanda yang ke-15.
Coen dianggap sebagai pahlawan nasional di Belanda karena jasanya dalam membangun VOC sebagai perusahaan dagang terbesar dan terkuat di dunia pada masanya.
Namun, ia juga dikritik karena kebiadabannya dalam menindas rakyat Hindia Timur demi kepentingan VOC.
Di Indonesia, ia dianggap sebagai salah satu simbol penjajahan dan eksploitasi Belanda yang harus ditentang dan dilawan.