Setelah menjadi Gubernur Jenderal, ia tidak tahan terhadap orang Banten dan orang Inggris di sana, maka ia pun memindahkan kantor VOC ke Jakarta, di mana ia membangun pertahanan.
Pada tanggal 30 Mei 1619 dia menaklukkan Jayakarta dan namanya diubah menjadi Batavia (Batavieren).
Awalnya ia mau mengubah nama kota ini menjadi Nieuw Hoorn seperti kota kelahirannya, tetapi usul itu ditolak pimpinan VOC di Belanda.
Coen memiliki visi untuk menjadikan VOC sebagai kekuatan dagang yang tak terbendung di Hindia Timur.
Ia berusaha menghapuskan persaingan dari bangsa-bangsa lain seperti Portugis, Inggris, Spanyol, dan Denmark.
Ia juga berusaha mengendalikan produksi dan distribusi rempah-rempah yang sangat diminati di Eropa.
Untuk itu, ia melakukan berbagai tindakan keras seperti menghancurkan kapal-kapal musuh, membakar gudang-gudang dagang, menyerang pelabuhan-pelabuhan penting, dan mengeksekusi para pedagang lokal yang tidak mau bekerja sama dengan VOC.
Salah satu contoh kekejaman Coen adalah pembantaian Banda pada tahun 1621.
Dalam peristiwa itu, Coen memerintahkan pasukannya untuk membunuh hampir seluruh penduduk Banda yang berjumlah sekitar 15.000 orang karena mereka menolak menjual pala secara eksklusif kepada VOC.
Hanya sekitar 1.000 orang yang selamat dari pembantaian tersebut.
Coen juga dikenal sebagai seorang administrator yang cakap dan visioner.
Baca Juga: 10 Peninggalan Kerajaan Demak, Ada Makam Sosok Wali Paling Disegani