Seperti disebut di awal, dua bulan setelah dia dinobatkan sebagai raja Kasunanan Surakarta, Indonesia memperoleh kemerdekannya.
Kasunanan Surakarta langsung menyatakan wilayahnya merupakan bagian dari Republik Indonesia.
Pada 1 September 1945, Kasunanan Surakarta mengirimkan maklumat kepada Presiden Soekarno perihal pernyataan dari Pakubuwono XII yang menyatakan bahwa Kasunanan Surakarta berstatus sebagai kerajaan dan daerah istimewa.
Hubungan antara Surakarta dengan pemerintah pusat bersifat langsung.
Pada 6 September 1945, wilayah Kasunanan Surakarta dan Praja Mangkunegaran ditetapkan sebagai Daerah Istimewa Surakarta oleh Presiden Soekarno.
Memerintah di kala situasi negeri belum stabil dan masih dirongrong bangsa Belanda tentu bukan tugas mudah bagi sunan muda.
Pakubuwono XII tidak berperan aktif pada masa revolusi fisik dan pemerintahan keraton banyak dijalankan oleh sang ibu dan orang-orang di sekitarnya, terutama Patih Sosrodiningrat.
Bahkan Pakubuwono XII sempat diculik Barisan Banteng pada Januari 1946.
Dia baru dibebaskan setelah menuruti kehendak penculiknya.
Barisan Banteng, yang tidak menginginkan hadirnya kerajaan yang mempunyai kuasa politik, bahkan berani menerobos ke keraton.
Pakubuwono XII dipaksa menyerahkan kekuasaannya kepada rakyat dan menghapus Daerah Istimewa Surakarta.
Alhasil, sejak 1 Juni 1946, pemerintah menghapus Daerah Istimewa Surakarta dan Surakarta hanya menjadi keresidenan di Provinsi Jawa Tengah.