Ia menjadi wakil Diponegoro dalam perundingan penting dengan Belanda pada 29 Agustus 1827 di Klaten.
Dalam perundingan itu, ia dengan tegas mengajukan sejumlah tuntutan dan mengubah paradigma perlawanan dari label "pemberontak" menjadi "perang sabil" atau perang suci melawan orang-orang kafir yang menjadi musuh Islam.
Kyai Modjo juga berperan dalam mengatur strategi militer melawan Belanda. Ia menjadi panglima perang sekaligus guru spiritual Pangeran Diponegoro.
Ia mengajarkan ilmu-ilmu kebatinan kepada Diponegoro dan para pengikutnya untuk meningkatkan kekuatan batin mereka dalam berperang.
Pecah Kongsi dengan Diponegoro
Namun, hubungan Kyai Modjo dan Diponegoro tidak selalu harmonis. Pada tahun 1828, Kyai Modjo berpisah dengan Diponegoro karena dianggap telah menyimpang dari ajaran Islam.
Kyai Modjo menuduh Diponegoro telah terpengaruh oleh aliran kebatinan yang bercampur dengan ajaran Hindu-Buddha.
Kyai Modjo juga tidak setuju dengan keputusan Diponegoro untuk bersekutu dengan para pemberontak dari Madura dan Bali yang dianggapnya sebagai musuh Islam.
Kyai Modjo pun meninggalkan pasukan Diponegoro dan membawa sebagian besar pengikutnya ke arah timur.
Ia berharap dapat bergabung dengan pasukan Pangeran Mangkubumi yang masih berperang melawan Belanda di daerah Kediri. Namun, dalam perjalanan, ia ditangkap oleh Belanda dan dibuang ke Tondano, Minahasa.
Akhir Hayat
Kyai Modjo meninggal di Tondano pada 20 Desember 1849. Ia dimakamkan di Kampung Jawa Tondano. Di tempat itu, ia juga mendirikan sebuah masjid yang bernama Masjid Agung Al-Falah Kyai Modjo. Masjid ini menjadi salah satu peninggalan sejarah yang masih berdiri hingga kini.
Kyai Modjo adalah sosok leluhur Duta Sheila On 7 yang memiliki peran penting dalam sejarah perjuangan bangsa Indonesia. Ia adalah ulama dan jenderal perang yang menjadi orang kepercayaan Pangeran Diponegoro.
Ia juga adalah guru spiritual yang mengajarkan ilmu-ilmu kebatinan kepada para pejuang.
Namun, ia juga memiliki prinsip yang kuat dalam memegang ajaran Islam hingga tidak segan-segan untuk berpisah dengan Diponegoro jika merasa ada penyimpangan dari ajaran Islam.