Ini adalah sistem pendidikan formal yang tidak terputus mulai dari tingkat dasar atau Madrasah Ibtidaiah hingga Perguruan tinggi.
Bisa dibilang, apa yang tercermin dari Al Zaytun itulah yang ada pada diri Panji Gumilang.
Dia ingin menjadikan Al Zaytun sebagai pusat pendidikan dan pengembangan budaya toleransi.
Serta pengembangan budaya perdamaian.
Panji Gumilang juga memperkenalkan sistem manajemen pendidikan "kekitaan" alih-alih "keakuan".
Pada 24 Mei 2003 Panji Gumilang dianugerahi gelar Doktor Honoris Causa bidang Management, Education and Human Resources oleh IMCA, karena dianggap berjasa melakukan perubahan dalam transformasi kependidikan di Indonesia.
Di luar prestasinya, Panji Gumilang punya nama tengah "kontroversi".
Dalam pemberintaan, nama Panji Gumilang kerap dikaitkan dengan gerakan Darul Islam/NII KW9.
Gerakan ini dipimpin oleh Abu Toto, diduga nama alias Panji Gumilang.
Yang paling populer tentu dia dituduh menyebarkan ajaran menyimpang di pesantren Al Zaytun.
Investigasi pihak berwenang dan Badan Penelitian Departemen Agama RI menghasilkan kesimpulan bahwa tidak ada penyimpangan dari ajaran Islam di dalam Pesantren Al-Zaytun baik dalam segi akidah maupun praktik keagamaan.
Soal tuduhan bahwa dia terkait NII, Panji Gumilang hanya bilang, persoalan NII menurut sejarah Indonesia sudah selesai pada tahun 1962.