Dinasti Yuan tidak puas dengan kekalahan mereka di Jawa dan terus mengirim utusan-utusan untuk menuntut penyerahan Majapahit.
Namun, Majapahit tidak pernah mengakui kekuasaan Dinasti Yuan dan terus mempertahankan kedaulatannya.
Meskipun gagal menguasai Jawa, Dinasti Yuan tetap berusaha untuk menjaga kontak dengan Majapahit dan kerajaan-kerajaan lain di Nusantara.
Dinasti Yuan juga terus mengirim utusan-utusan ke Nusantara untuk mengajak mereka berdagang, membayar upeti, atau bahkan menjadi sekutu.
Salah satu utusan Dinasti Yuan yang terkenal adalah Zhou Daguan, seorang pejabat dan penulis yang mengunjungi Kerajaan Khmer di Kamboja pada tahun 1296-1297.
Zhou Daguan menulis sebuah buku yang berjudul Zhenla Fengtu Ji (Catatan tentang Tanah Angkor), yang menggambarkan kehidupan, adat istiadat, agama, arsitektur, dan pemerintahan di Angkor.
Buku ini menjadi salah satu sumber sejarah yang penting tentang Kerajaan Khmer.
Selain Zhou Daguan, ada juga utusan Dinasti Yuan lain yang mengunjungi Nusantara, seperti Wang Dayuan, Ma Huan, dan Fei Xin.
Mereka semua menulis catatan perjalanan mereka yang berisi informasi tentang geografi, budaya, politik, dan ekonomi di Nusantara.
Catatan-catatan ini menjadi saksi mata tentang hubungan antara Dinasti Yuan dan Nusantara pada abad ke-13 dan ke-14.
Dari catatan-catatan tersebut, kita dapat mengetahui bahwa Dinasti Yuan memiliki hubungan yang cukup baik dengan beberapa kerajaan di Nusantara, seperti Kerajaan Samudra Pasai di Sumatera Utara, Kerajaan Sunda di Jawa Barat, Kerajaan Bali di Bali, dan Kerajaan Champa di Vietnam.
Beberapa kerajaan ini bahkan mengirim upeti atau hadiah kepada Dinasti Yuan sebagai tanda hormat atau persahabatan.
Namun, hubungan antara Dinasti Yuan dan Majapahit tetap tegang dan bermusuhan. Majapahit tidak pernah mengakui kekuasaan Dinasti Yuan dan terus mempertahankan kemerdekaan dan kedaulatannya.
Majapahit juga berusaha untuk memperluas wilayahnya dengan menaklukkan kerajaan-kerajaan tetangga di Nusantara. Hal ini sering menimbulkan bentrokan dengan kepentingan Dinasti Yuan.
Salah satu contoh konflik antara Dinasti Yuan dan Majapahit adalah Perang Bubat pada tahun 1357.
Perang ini terjadi ketika pasukan Majapahit menyerang rombongan pengantin dari Kerajaan Sunda yang datang ke Bubat untuk menikahkan putrinya dengan raja Majapahit.
Rombongan pengantin ini diduga dibantu oleh utusan Dinasti Yuan yang ingin menjodohkan putri Sunda dengan pangeran Yuan.
Perang ini berakhir dengan kemenangan Majapahit dan pembantaian massal terhadap rombongan pengantin Sunda.
Perang Bubat menunjukkan bahwa hubungan antara Dinasti Yuan dan Majapahit tidak pernah harmonis dan damai.
Kedua belah pihak saling bersaing untuk memperebutkan pengaruh dan kekuasaan di Nusantara.