Ia berusaha mengembalikan kejayaan Mataram yang telah hancur akibat pemberontakan Trunojoyo.
Namun, ia tidak bisa menikmati kedamaian sebagai raja.
Ia harus menghadapi berbagai masalah dan tantangan yang mengancam kekuasaannya, seperti:
- Pemberontakan Trunojoyo yang masih berlangsung hingga tahun 1680.
- Pemberontakan Pangeran Puger yang menyatakan diri sebagai raja Mataram dengan gelar Pakubuwono I pada tahun 1703.
- Perselisihan dengan VOC yang ingin mendapatkan konsesi dagang dari Mataram.
- Konflik internal dengan para bangsawan dan rakyat Mataram yang tidak puas dengan pemerintahannya.
- Kesehatan yang memburuk akibat penyakit kusta.
Amangkurat II berhasil mempertahankan tahta Mataram selama 26 tahun meski menghadapi banyak kesulitan.
Namun, ia tidak bisa mewujudkan harapan ayahnya untuk melanjutkan dinasti Mataram.
Ia meninggal dunia pada tahun 1703 tanpa meninggalkan keturunan laki-laki yang sah.
Ia hanya memiliki seorang putra kelak bergelar Amangkurat III.