Namun, ia sering berselisih dengan ayahnya karena berbagai hal, seperti masalah percintaan, pemberontakan, dan politik.
Ia bahkan pernah memberontak terhadap ayahnya pada tahun 1661 dan 1668.
Pada tahun 1677, Mataram menghadapi pemberontakan besar-besaran yang dipimpin oleh Trunojoyo, seorang adipati dari Madura.
Trunojoyo berhasil menyerbu ibu kota Mataram di Plered dan mengancam keselamatan raja dan keluarga kerajaan.
Amangkurat I terpaksa melarikan diri ke arah barat bersama Raden Mas Rahmat dan beberapa pengikut setianya.
Namun, dalam pelarian itu, ia jatuh sakit dan terbaring lemah di desa Tegalarum.
Di saat-saat terakhirnya, Amangkurat I mengetahui bahwa Raden Mas Rahmat telah berkhianat kepadanya.
Raden Mas Rahmat diduga telah memberikan air kelapa yang mengandung racun kepada ayahnya untuk mempercepat kematiannya.
Amangkurat I merasa sangat kecewa dan marah kepada putranya.
Ia pun mengutuk Raden Mas Rahmat agar tidak bisa memerintah Mataram dengan baik dan tidak memiliki keturunan laki-laki yang sah untuk meneruskan dinastinya.
Amangkurat I meninggal dunia pada tanggal 13 Juli 1677.
Raden Mas Rahmat naik tahta sebagai raja Mataram kelima dengan gelar Amangkurat II.