Oleh karena itu, kerajaan ini sering berhubungan dengan Portugis dan Spanyol dalam perdagangan dan misi agama.
Salah satu faktor yang memperkuat hubungan antara kerajaan Larantuka dengan Portugis adalah adanya aliansi politik dan militer untuk melawan Belanda atau VOC yang ingin menguasai wilayah Flores dan sekitarnya.
Aliansi ini dimulai ketika Belanda menyerang benteng Portugis di Solor pada tahun 1613 Masehi dan mengusir mereka ke Larantuka.
Sejak saat itu, Portugis memberikan perlindungan kepada rakyat dan raja-raja Larantuka dari serangan Belanda.
Portugis juga membantu membangun benteng-benteng pertahanan di sepanjang pantai Larantuka seperti Benteng Reinha Rosari (Ratu Rosario), Benteng Reinha Santana (Ratu Santa Ana), Benteng Reinha Tres Reis Magos (Ratu Tiga Raja Suci), dan Benteng Santo Antonio.
Selain itu, Portugis juga membawa pengaruh budaya dan agama Katolik yang mendalam bagi masyarakat Larantuka.
Hal ini dapat dilihat dari penggunaan bahasa Portugis dalam lagu-lagu religius maupun sehari-hari, penggunaan gelar-gelar bangsawan Eropa seperti Don atau Donna untuk raja-raja atau bangsawan lokal.
Serta adanya tradisi Semana Santa atau Pekan Suci yang dilakukan oleh umat Katolik di Larantuka setiap menjelang Paskah.
Zaman keemasan kerajaan Larantuka berakhir pada tahun 1859 Masehi ketika Portugis terpaksa menyerahkan wilayah Flores kepada Belanda setelah perundingan panjang.
Belanda menginginkan wilayah Flores karena melihat potensi ekonomi dan strategisnya sebagai jalur perdagangan rempah-rempah dan kayu cendana.
Belanda kemudian mengambil alih pemerintahan kerajaan Larantuka dan mengubahnya menjadi sebuah keresidenan yang dipimpin oleh seorang residen Belanda.