Peperangan dengan kerajaan lain. Menurut catatan sejarah Cina, Salakanegara pernah terlibat dalam peperangan dengan kerajaan Funan (sekarang Kamboja) pada tahun 434 Masehi.
Peperangan ini mungkin melemahkan kekuatan militer dan ekonomi Salakanegara sehingga mudah ditakluk oleh musuh-musuhnya.
Bencana alam atau wabah penyakit. Menurut cerita rakyat, Salakanegara mengalami bencana alam berupa banjir besar atau gempa bumi yang menghancurkan ibu kotanya dan menenggelamkan sebagian wilayahnya di bawah laut.
Bencana ini mungkin menyebabkan kematian massal dan kekacauan sosial di kalangan rakyat Salakanegara sehingga menyebabkan keruntuhan peradaban mereka.
Selain itu, kemungkinan lain adalah adanya wabah penyakit yang menyebar luas dan memusnahkan penduduk Salakanegara.
Dari beberapa kemungkinan tersebut, tidak ada yang dapat dibuktikan secara ilmiah atau arkeologis hingga saat ini.
Oleh karena itu, keruntuhan kerajaan Salakanegara masih menjadi teka-teki sejarah.