Lanjut, pada masa kemerdekaan sistem pajak mulai dirubah, ini dimulai sejak pajak dimasukkan ke dalam UUD 1945 Pasal 23 pada sidang BPUPKI.
Dalam pasal itu berbunyi segala bentuk pajak digunakan untuk keperluan negara berdasarkan undang-undang.
Namun, pemerintah Indonesia belum bisa mengeluarkan UU khusus tentang pajak akibat Agresi Militer Belanda.
Pemerintah harus memindahkan ibu kota ke Yogyakarta untuk sementara.
Baru kemudian setelah itu, pemerintah mengadopsi beberapa aturan tentang pajak peninggalan pemerintahan kolonial.
Seperti Ordonansi Pajak Pendapatan 1944 dan membentuk beberapa suborganisasi untuk melaksanakan pemungutan pajak.
Seperti Jawatan Pajak, Jawatan Bea dan Cukai serta Jawatan Pajak Hasil Bumi pada Direktorat Jenderal Moneter.
Dalam ekonomi modern pajak merupakan sumber pendapatan pemerintah yang paling penting.