Tahun 1827, posisi Diponegoro terjepit karena Belanda menyerang dengan lebih dari 23.000 prajurit.
Pada 1829, Kyai Maja ditangkap. Menyusul kemudian Sentot Alibasya.
Pada tanggal 28 Maret 1830, pasukan Belanda yang dipimpin Jenderal De Kock berhasil mendesak Diponegoro di Magelang.
Namun menurut Saleh As’ad Djamhari, sejarawan dan pemerhati militer, Perang Jawa itu sudah disiapkan selama 12 tahun.
“Diponegoro telah melakukan konspirasi dalam senyap dengan sabar, tertutup, dan rahasia,” ungkapnya sebagaimana diwartakan National Geographic.
Sang pangeran itu membentuk jaringan dengan para bekel, demang, bupati, ulama, santri, dan petani untuk menyusun kekuatan.
Lewat dana sokongan dari para bangsawan dan perampasan konvoi logistik Belanda, dia menyiapkan pabrik mesiu di pinggiran Yogyakarta dan membeli bedil locok berpicu—mungkin buatan Prusia.
Peter Brian Ramsay Carey, salah satu sejarawan sohor asal Inggris Raya, mengatakan bahwa tahun-tahun awal perang memang penuh teror terhadap warga China.
Pasukan Diponegoro menyerukan kebencian kepada orang-orang China, bahkan membantai mereka.
Lebih jauh, para pasukan Pangeran Diponegoro ditengarai sebagai para pemadat.
Candu secara luas digunakan sebagai obat perangsang dan bagian ilmu ketabiban Jawa untuk menyembuhkan aneka penyakit.