Banyak paman-paman Zhu Yunwen yang tidak setuju bahwa dirinya diangkat menjadi putra mahkota hingga menjadi Kaisar Jianwen.
Salah satunya adalah pamannya, Zhu Di.
Dibantu oleh mata-mata kasim dan jenderal pengkhianat, Zhu Di berhasil menangkap armada Yangtze tentara Ming dan memasuki ibu kota Nanjing melalui gerbang yang terbuka pada tahun 1402.
Melalui propaganda, Zhu Di mencoba menggambarkan dirinya sebagai seseorang seperti Adipati Zhou.
Tapi ketika dia masuk ke Nanjing, tak lama terjadi kebakaran hebat di istana kekaisaran.
Lalu dia melakukan penyelidikan dan menyerahkan tiga mayat hangus yang diidentifikasi sebagai Kaisar Jianwen, permaisuri, dan putra mahkotanya.
Sejak itu, rra Jianwen kemudian dinyatakan batal dan catatan sejarah tentang era ini diubah atau dihancurkan secara sistematis.
Zhu Di naik takhta sebagai Kaisar Yongle dan mendirikan ibu kota kekaisaran baru di Beijing, sebelumnya ibu kota kerajaannya.
Meskipun Kaisar Yongle menyajikan tubuh hangus sebagai Zhu Yunwen, rumor beredar selama beberapa dekade bahwa Kaisar Jianwen telah menyamar sebagai biksu Buddha dan melarikan diri dari istana ketika dibakar oleh pasukan Zhu Di.
Beberapa sejarawan percaya bahwa Kaisar Jianwen memang selamat dan melarikan diri dari Nanjing.
Beberapa catatan melaporkan bahwa satu tahun setelah ia menjadi kaisar, Kaisar Yongle mengirim Zheng He dan Hu Ying untuk mencari Kaisar Jianwen.
Pada 1423, Hu kembali dan melaporkan kepada Kaisar Yongle tentang temuannya dalam percakapan pribadi.