Strategi yang diterapkan di antaranya memperkuat armada militer, meningkatkan jumlah persenjataan, dan membangun lumbung makanan di Tegal dan Cirebon.
Serangan kedua ini dipimpin oleh Dipati Puger dan Dipati Purbaya.
Dipati Puger dan Dipati Purbaya berhasil membawa 80.000 pasukan Mataram sampai di Batavia. Namun, serangan ini kembali menemui kegagalan.
Meski sudah mengantisipasi hambatan serangan sebelumnya, rupanya Belanda masih saja menemukan cara untuk memukul mundur pasukan Mataram.
Belanda membakar lumbung padi milik pasukan Mataram.
Dengan dibakarnya lumbung padi oleh Belanda, pasukan Mataram kekurangan bahan makanan dan kelelahan, sehingga memilih untuk mundur.
Tak hanya sekali melakukan serangan, mengapa Sultan Agung bersikeras untuk mengusir VOC dari Batavia?
Hal itu karena Sultan Agung menganggap kedudukan VOC di Batavia sebagai ancaman karena kerap menghalangi kapal dagang Mataram yang akan berdagang ke Malaka.
Keberadaan VOC juga dianggap sebagai penghalang bagi Mataram untuk menguasai Banten.
Di bawah pemerintahan Sultan Agung, saat itu Mataram hampir menguasai seluruh tanah Jawa, dan salah satu wilayah di Jawa yang belum dikuasai adalah Banten serta Batavia (Jakarta), yang menjadi markas VOC.