Pada Mei 1625, Eleonora melahirkan untuk ketiga kalinya, kali ini seorang anak laki-laki yang ditunggu-tunggu, tapi sayang, juga lahir mati.
Namun pada Desember 1626, Ratu melahirkan seorang bayi perempuan yang sehat, Christina, yang tumuh menjadi salah satu tokoh bangsawan Eropa yang paling mempesona.
Tak lama setelah melahirkan, ibu baru ini menunjukkan gejala yang diklasifikasikan sebagai depresi pascapersalinan.
Kondisinya digambarkan sebagai ‘histeria’ yang membuat Raja tidak mengizinkan Eleonora untuk membuat pengaruh besar dalam pengasuhan putrinya.
Maka putrinya itu ditempatkan dalam perawatan bibinya, Catherine dan Kanselir Axel Oxenstierna.
Namun, Raja harus pergi berperang dalam Perang Tiga Puluh Tahun, namun ini tidak membantu kondisi Ratu, sehingga Raja membuat surat permohonan kepada Kanselir, agar mengizinkan membawa istrinya pergi bersamanya ke Jerman.
Pindah ke Kastil Wolgast, Eleonora menghabiskan hari-harinya dengan menulis surat kepada anggota keluarganya, dan terlihat tanda kebahagiaan setelah bertahun-tahun mengalami depresi.
Eleonora mengungkapkan kebanggaannya ketika berbicara tentang pengagum putrinya Christina dan benar-benar bersemangat menjadi lebih dekat dengan suaminya.
Namun, pada bulan November 1632, Gustavus Adolphus terbunuh dalam pertempuran, dan Maria Eleonora mengalami kesedihan yang mendalam.
Dia kembali ke Stockholm, tetapi tidak akan pernah benar-benar pulih dari kematian suaminya. Dia dikatakan telah menyimpan hatinya di dalam kotak selama bertahun-tahun setelah itu.