Sepulang dari perang, Sultan Hadiwijaya sakit dan akhirnya wafat pada 1582.
Upaya Senopati untuk memerdekakan Mataram pun semakin mudah, terlebih lagi Kerajaan Pajang mengalami pergolakan karena perebutan kekuasaan.
Pada 1586, Senopati resmi mengangkat dirinya sebagai raja pertama Kerajaan Mataram Islam dengan gelar Panembahan Senapati Ing Alaga Sayidin Panatagama. Gelarnya tersebut berarti bahwa raja berkuasa atas pemerintahan dan keagamaan.
Sementara gelar sultan baru resmi digunakan oleh penguasa mataram mulai 1641, di masa kekuasaan cucunya, Sultan Agung.
Pada 1587, Pangeran Benawa yang memerintah Kerajaan Pajang meminta agar kerajaannya bergabung dengan Mataram.
Sejak saat itu, Pajang menjadi daerah bawahan Mataram yang dipimpin oleh Pangeran Gagak Baning, adik Panembahan Senopati, sebagai adipati.
Baca Juga: Inilah Sosok Karaeng Galesong, Bangsawan Gowa yang Memburu VOC ke Jawa dengan 9.000 Tentara Gabungan
Di bawah kekuasaan Panembahan Senopati, Kesultanan Mataram dikenal sebagai kerajaan bercorak agraris dengan ibu kota terletak di Kotagede, Yogyakarta.
Selain itu, ia juga menjadikan agama Islam sebagai dasar tata pemerintahannya.
Masa pemerintahan Panembahan Senopati dapat dikatakan sebagai awal kebangkitan Kerajaan Mataram Islam.
Selama berkuasa, Panembahan Senopati mulai memperluas daerah kekuasaan Mataram Islam ke wilayah di sekitarnya.