Tak lama setelah keberhasilan ini, Intrepid mendapat serangan hebat dari pesawat kamikaze Jepang; yang pertama mengenai salah satu posisi anti-pesawat di pelabuhan kapal induk.
Pada tanggal 25 November sebuah Zero menabrak kapal dan membakarnya.
Sebelum api ini bisa dipadamkan, pesawat Zero lain menabrak dek penerbangan flattop dan menyalakan api di salah satu gantungannya.
Lebih dari 60 orang tewas dalam serangan itu, dan sekali lagi kapal yang terluka kembali ke Pearl Harbor untuk diperbaiki.
Interpid kembali beraksi pada awal 1945 dan mampu mendukung pendaratan berdarah di Okinawa.
Nasib buruk akan menyerang lagi, saat kamikaze keempat menghantam kapal, menyebabkan kebakaran hebat lainnya di bawah geladak.
Interpid berlayar kembali ke Pearl Harbor untuk perbaikan untuk ketiga kalinya. Ketika perang berakhir USS Intrepid pergi ke Jepang untuk membantu pendudukan.
Pada bulan Februari 1947 Intrepid dinonaktifkan. Namun, dia berhasil lolos dari nasib buruk banyak kapal lain ketika dia menerima perombakan besar-besaran pada tahun 1952, yang memungkinkannya untuk menangani pesawat jet berat yang lebih baru yang mulai beroperasi.
Pada tahun 1954, setelah modifikasi selesai, Interpid ditugaskan kembali.