Selanjutnya dia memimpin pasukan untuk menyerang Kerajaan Kediri.
Terjadi pertempuran hebat antara pasukan Ken Arok melawan tentara Kediri di bawah pimpinan Panglima Kediri, Mahisa Walungan yang juga adik Raja Kertajaya.
Pertempuran itu berlangsung di sebelah utara Ganter, sekitar Malang sekarang.
Oleh karenanya, pertempuran tersebut dikenal dengan nama Perang Ganter.
Namun para panglima Kediri, termasuk Mahisa Walungan dan Gubar Baleman, mati di tangan Ken Arok.
Sadar akan kekalahannya, sang raja yang pengecut memutuskan untuk emlarikan diri.
Namun ke mana dia melarikan diri masih jadi perdebatan.
Menurut kitab Negarakretagama, Kertajaya melarikan diri dan bersembunyi dalam dewalaya (tempat dewa).
Namun Kitab Pararaton menyebut Kertajaya lenyap ke alam kedewaan hingga tidak meninggalkan bekas sekalipun.