Ia diyakini oleh penyelidik menjadi dalang strategi organisasi teroris Jemaah Islamiyah (JI) menyerang target mereka.
JI sebelumnya berhubungan dengan Al-Qaeda dan kemudian beberapa tahun selanjutnya terkuak jika mereka terlibat dengan ISIS.
Hambali tidak didakwa secara resmi di AS dengan kejahatan apa pun sampai Januari tahun ini.
Ia juga masih dicari di Malaysia, Singapura dan Filipina terkait dengan rencana teroris.
Pada Desember 2001, 15 operator JI ditangkap di Singapura atas perencanaan serangan gedung pemerintah, kedutaan dan petugas AS.
Kemudian tahun 2002 terjadilah Bom Bali 1, serangan teroris terburuk di Indonesia.
Tahun 2003 kelompok itu melanjutkan lagi serangan pengeboman di hotel JW Marriott di Jakarta.
Dakwaan menyebut Hambali sebagai "Encep Nurjaman, atau Riduan Isomuddin, alias Hambali".