Sebagian besar eksekutif berbasis di ibu kota Jayapura.
PDP muncul pada saat keterbukaan di bawah presiden Habibie dan penggantinya, Abdurrahman Wahid, dan ketika pemerintah pusat belum mengkonsolidasikan kekuasaannya setelah jatuhnya Soeharto.
PDP terbentuk setelah dua kali jajak pendapat yang melibatkan puluhan ribu orang Papua.
Beberapa dari mereka berjalan selama sebulan untuk menghadiri pertemuan.
Untuk pertama kalinya, bendera Bintang Kejora yang telah lama dilarang berkibar bebas.
Pada saat yang sama, anggota gereja dan organisasi masyarakat sipil yang aktif dalam advokasi hak asasi manusia mendirikan Elsham (Lembaga Studi dan Advokasi Hak Asasi Manusia).
Elsham, yang berbasis di Papua Barat, segera membuat dan memobilisasi jaringan penyelidik domestik yang terhubung dengan baik ke dalam jaringan advokat internasional.
Kaum moderat Papua Barat dan sekutu Indonesia yang tinggal di Papua Barat memanfaatkan ruang politik yang telah terbuka dan mulai menyusun paket Otonomi Khusus.
Pada tahun 2001 Otonomi Khusus telah menjadi undang-undang.
Saat itu negara Indonesia sudah mulai mengkonsolidasikan kembali kekuasaan.