Ada patung dirinya di dalam dan di luar ibu kota.
Namun, sementara namanya tetap hidup, kematian Lobato masih menjadi misteri.
Pemerintah Alkatiri kemudian memimpin upaya baru untuk memulihkan jenazahnya sehingga Lobato akhirnya bisa diberi pemakaman dan upacara adat yang layak.
Banyak sejarah mengerikan Timor Lorosae di bawah pendudukan Indonesia tetap tertutup, meskipun saat ini hubungan antara kedua negara normal.
Surat kabar di Indonesia dan Timor Leste telah lama mengklaim bahwa tubuh Lobato dibawa ke Indonesia segera setelah kematiannya dan dikuburkan secara rahasia.
Laporan lain berspekulasi bahwa orang Indonesia menyita kepalanya, dan meninggalkan jenazahnya di Dili.
Pada tahun 2003, ketika sisa-sisa tanpa tengkorak kepala ditemukan di halaman belakang rumah Alkatiri sendiri di Dili, itu langsung dianggap sebagai milik Lobato.